Могойтуйский район входит в состав Агинского Бурятского округа Забайкальского края. В Могойтуйском районе 31 населённый пункт в составе 1 городского и 14 сельских поселений. Административный центр - пгт. Могойтуй. Как административная единица Агинского округа образован 8 декабря 1942 года.

Территория — 6,3 тыс. км², представляет собой равнины и плоскогорья, 12 % из них покрыто лесами и кустарниками. На территории района есть памятники природы, охраняемые государством: Боржигантайская воронка, гора Хан-Уула, пещера Хээтэй, у села Нуринск — палеонтологические остатки древнего моря, памятники Бурхатуйской культуры. Много лечебных источников. По территории района проходит ветка Транссибирской железнодорожной магистрали, соединяющая центр России со странами Восточной Азии: с странами КНР (Манчжурия), КНДР, Монголия.

Открыто около 20 рудных месторождений, большая доля которых занимается добычей меди.